Identificación de genes centrales en el carcinoma adenoide quístico y células de cáncer de colon tratadas con alfa-tocoferol mediante análisis bioinformático y aprendizaje automático

Resumen

Introducción: El carcinoma adenoide quístico (ACC) es una neoplasia maligna rara que se encuentra principalmente en las glándulas salivales, representando aproximadamente el 1% de todos los cánceres de cabeza y cuello. El alfa-tocoferol, un potente antioxidante, se ha relacionado con comportamientos de células cancerosas, y su relación con el ACC oral y las células de cáncer de colon tratadas con alfa-tocoferol podría revelar objetivos y estrategias terapéuticas comunes. Objetivo: Identificar genes altamente conectados en el ACC y el cáncer de colon (CC) mediante un enfoque que combina análisis bioinformático, aprendizaje automático y análisis de infiltración inmune. Métodos: Se utilizaron datos de expresión génica del conjunto de datos NCBI GEO para analizar tejido de ACC y glándulas salivales normales. La etapa de preprocesamiento incluyó normalización de datos e identificación de genes diferencialmente expresados (DEGs) utilizando paquetes estadísticos como limma en R o DESeq2. Se empleó Cytoscape para visualizar redes de interacción génica y Cytohubba para identificar genes centrales. Se aplicaron métodos de selección de características y el algoritmo Random Forest para modelos de clasificación, validados mediante validación cruzada. También se analizó la infiltración de tipos de células inmunes en muestras tumorales utilizando herramientas como CIBERSORT, xCell o TIMER. Resultados: Se identificaron genes centrales como CXCL13, TEKT3 y KCNA4, que desempeñan roles clave en la señalización celular, respuestas inmunes y progresión tumoral. Conclusiones: El estudio revela genes centrales cruciales en la biología del ACC y el cáncer de colon, destacando la necesidad de exploración continua y validación para avances terapéuticos en oncología.

Recibido: 19/03/2025
Aceptado: 27/03/2025